Для добавления нескольких субтитров в mp4 требуется ввести команду

ffmpeg -i Mstitel.mp4 -i ru_mstitel.srt -i eng_mstitel.srt -map 0 -map 1 -map 2 -c copy -c:s mov_text output.mp4

где

-i показывает, что следом будет идти входной файл, так, у нас 3 входных файла

Mstitel.mp4, ru_mstitel.srt, eng_mstitel.srt

-map говорит, в какую дорожку писать информацию из соответствующего входного файла

-c указывает, что следом будет указан кодек

copy без кодирования, просто копия исходного потока без преобразования кодека

-с:s показывает, что следом пойдет кодек для субтитров

mov_text кодек для субтитров

output.mp4 выходной файл